undefined

陈阳 助理研究员

生物信息学研究部 精准中医与生物网络团队

通信地址:北京市海淀区清华大学FIT楼1-112

联系电话:010-62785578-454

Email:yc@tsinghua.edu.cn

教育背景

1998年-2002年 中山大学 药学 本科

1999年-2001年 中山大学 计算科学 辅修

2002年-2005年 北京协和医学院 免疫学 硕士

2005年-2008年 北京协和医学院 生化与分子生物学 博士

工作履历

2008年-2011年 清华大学 自动化系 生物信息学 博士后

2011年至今 清华大学 北京信息科学与技术国家研究中心 生物信息学研究部 助理研究员

学术兼职

中国研究性医院学会血液病精准治疗专业委员会委员,中国人工智能学会,生物信息学与人工生命专业委员会委员。

社会兼职

中国医药质量管理协会临床实验及大数据质量管理分会委员。

研究领域

基因组学、生物信息学

研究概况

以疾病的精准预防、诊断和治疗为目的,开发基因组学新技术、新算法,探索发育与疾病中基因组三维空间结构与功能的新规律。

奖励与荣誉

1999 FuShouXian Award, Sun Yat-Sen University

2003 Peking Union Medical College Outstanding Student

2006 Peking Union Medical College Outstanding Student

2018 Top Ten Progresses of Chinese Bioinformatics in 2018

学术成果

1. Kaiqiang You#, Qi Huang#, Chunyu Yu#, Boyan Shen, Cristoffer Sevilla, MingleiShi, HenningHermjakob*, Yang Chen*, Tingting Li*. PhaSepDB: a database of liquid–liquid phase separation related proteins. Nucleic Acids Research, 2019, Oct 4.

2. Rui Xiao, Jiayu Chen, Zhengyu Liang, Daji Luo, Geng Chen, Zhi John Lu, Yang Chen, Bing Zhou, Hairi Li, Xian Du, Yang Yang, Mingkui San, Xintao Wei, Wen Liu, Eric Lecuyer, Brenton R. Graveley, Gene W. Yeo, Christopher B. Burge, Michael Q. Zhang, Yu Zhou, Xiangdong Fu. Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-Based Regulation of Transcription. Cell, 178, 107-121.

3. Fengling Chen, Guipeng Li, Michael Q Zhang, Yang Chen*. HiCDB: a sensitive and robust method for detecting contact domain boundaries. Nucleic Acids Research, 2018, 46, 11239-11250.

4. Jing Li, Younghee Lee, Yanjian Li, Yu Jiang, Huiping Lu, Wenjuan Zang, Xiaohong Zhao, Liguo Liu, Yang Chen, Haidong Tan, Zhiying Yang, Michael Q. Zhang, Tak W. Mak, Ling Ni, and Chen Dong*. Co-inhibitory Molecule B7 Superfamily Member 1 Expressed by Tumor-Infiltrating Myeloid Cells Induces Dysfunction of Anti-tumor CD8+ T Cells. Immunity, 2018, 48:1-14.

5. Mohamed Nadhir Djekidel, Yang Chen*, and Michael Q. Zhang*. FIND: difFerential chromatin INteractions Detection using a spatial Poisson process. Genome Research, 2018, 28:1-11.

6. Yanjian Li, Yi He, Zhengyu Liang, Yang Wang, Fengling Chen, Mohamed Nadhir Djekidel, Guipeng Li, Xu Zhang, Shuqin Xiang, Zejun Wang, Juntao Gao, Michael Q. Zhang*, Yang Chen*. Alterations of specific chromatin conformation affect ATRA-induced leukemia cell differentiation. Cell Death & Disease, 2018, 9(2):200.

7. Zhengyu Liang, Guipeng Li, Zejun Wang, Mohamed Nadhir Djekidel, Yanjian Li, Minping Qian, Michael Q. Zhang* and Yang Chen*. BL-Hi-C is an efficient and sensitive approach for capturing structural and regulatory chromatin interactions. Nature Communications, 2017, 8:1622.

8. Guipeng Li, Yang Chen, Michael P. Snyder* and Michael Q. Zhang*. ChIA-PET2: a versatile and flexible pipeline for ChIA-PET data analysis. Nucleic Acids Research, 2017, 45(1):e4.

9. Jingyu Wang, Fengling Chen, Longwei Liu, Chunxiao Qi, Bingjie Wang, Xiaojun Yan, Chenyu Huang, Wei Hou, Michael Q. Zhang, Yang Chen*, Yanan Du*. Engineering EMT using 3D micro-scaffold to promote hepatic functions for drug hepatotoxicity evaluation. Biomaterials, 2016. 91:11-22. (IF=8.806; Cited by 22)

10. Mohamed Nadhir Djekidel, Zhengyu Liang, Qi Wang, Zhirui Hu, Guipeng Li, Yang Chen*, Michael Q. Zhang*. 3CPET: finding co-factor complexes from ChIA-PET data using a hierarchical Dirichlet process. Genome Biology, 2015. 16:288.

11. Yang Chen#, Jin Gu#, Dan Li, Shao Li*. Time-course network analysis reveals TNF-alpha can promote G1/S transition of cell cycle in vascular endothelial cells. Bioinformatics, 2012, 28(1): 1-4.

12. Yang Chen, Wei Liu, Tengfei Chao, Yu Zhang, Xingqi Yan, Yanhua Gong, Boqin Qiang, Jiangang Yuan, Maosheng Sun* and Xiaozhong Peng*. MicroRNA-21 down-regulates the expression of tumor suppressor PDCD4 in human glioblastoma cell T98G. Cancer Letters, 2008, 272(2): 197-205.

人才培养

至今合作指导博士研究生9人,其中已毕业4人(包括校优秀博士毕业生1人)。